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一、变化
1.人员结构调整为“企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数比例不低于10%”，同时也取消了学历的限制。
2.降低了年收入小于5千万元的企业收取对于研究开发费用总额占销售收入总额的比例，由原来的6%降到5%，降了1%。
3.取消了“近三年内获得知识产权的限制”和“五年以上独占许可获得知识产权的方式”，但同时明确了知识产权必须是对企业主导产品在技术上发挥核心支持的作用。
4.虽然还是八大技术领域，但也扩充了航天、服务业和文化产业的支撑技术，取消了功能食品和农产品深加工的产品。
5.取消了对高新技术企业的复审决定，要求在每年5月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年发展情况报表。
6.公示时间有原来的15个工作日改为10个工作日，企业更名不再报领导小组办公室备案，增加涉密企业认定和异地搬迁企业资质互认。
7.明确了采用备案与跟踪监管、随机抽查与重点检查相结合的方式加强检查。

二、企业费用
1.参考计扣除放宽研发费用的核算口径，新增五险一金、创新设计活动发生的相关费用、新药临床试验费、探开发技术的现场试验费、田间试验费等。
2.其它费用比例由原来的不超过10%提高到不超过20%。
3.明确删除了“与其他任职或受雇有关的其他支出，办公费”等概念广泛、不确定的内容。
4.研发经费占比从3%、4%、6%变为3%、4%、5%，向中小企业倾斜。

三、注意事项
1.申报企业：申报企业必须是法人企业，所提供的财务报表不应含有下属企业的合并报表，其他资料也不应含有下属法人企业的相关资料，个人独资企业、合伙企业不在申报范围内。
2.知识产权：企业申报的知识产权权属人必须是申报企业，企业通过受让、受赠、并购的方式获得的知识产权必须提供相关的主管部门出具的变更证明，其有效期必须覆盖高新技术企业有效期。
3.中介机构：参与企业研发费用、高新技术产品（服务）收入专项审计的中介机构应提供其服务符合《认定指引》中相关规定的证明和承诺书，据实出具专项审计或鉴定报告，并对企业研发费用、高新技术产品（服务）收入情况及相关编制说明发表明确意见。
4.申报材料的完整性以及相关信息的一致性。