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企业产品不符合领域;研发项目或高新技术产品不属于申报领域;企业所属行业属传统及淘汰行业，比如高污染、高能耗的落后技术。

其中国家重点支持的高新技术领域包括：电子信息、生物与新医药、航空航天、新材料、高技术服务、新能源与节能、资源与环境、先进制造与自动化八大领域。

财务问题是高企申报失败最主要原因之一，问题包括财务核算不规范和财务数据不符。

财务核算不规范：研发费用含无形资产摊销金额，财务报表中无无形资产、会计报表没有研发核算、多个研发项目的研发经费雷同、研发费用大于管理费用等。

财务数据不符：收入与税务系统数据不一致、专项审计报告与年度财务报表数据不一致、财务报表年期末数与下一年期初数不一致、财务报表附注与主表数据不一致、填写的财务数据与申报报告数据不一致等。

这个问题上主要症状是部分研发项目未通过认定以及高新技术产品不被认可，导致扣除后的收入比例不达标。造成比例不足的原因可能是，对高企申报的要求理解不到位;或者忽视了技术描述，对研发项目与产品的技术说明和证明材料的整合与挖掘不到位。

企业在申报高企时，其知识产权得分低有两方面原因：

第一，不满足规则层面的要求。例如企业总共只有5项实用新型，或者企业填了10项软著但近三年只有5项有效，必然会扣分;再比如，企业只有一个发明，但是评审时发现，这个发明的权利人不是申请主体，或者这个发明未缴年费已经失效，都会导致其不被认可。

第二，不满足技术层面的要求。比如，企业有16项软著，但是专家评审时认为，其中两项软著在技术上没有区别，于是只认可了其中一项，导致扣分。

企业申报时缺乏必备材料如企业研发的产品没有取得生产批文、高新技术产品证明材料不足、研发项目证明材料不足、科技成果转化证明材料不足等。

有些大规模的集团企业，其销售的产品或服务种类众多，但是并不是都能归属到高新技术的领域里，所以会导致有些企业总收入较高，但是高新产品或服务的收入较低，达不到认定所需要的比例要求。

企业转化能力得分低的原因主要有两个方面：

第一，错误理解了科技成果转化的内涵和逻辑，有的企业甚至将成果和转化结果弄反了;

第二，缺少科技成果转化的材料与支撑。科技成果转化不仅有数量要求，更有质量要求。

人员结构不符主要表现在科技或研发人员比例不达标、科技研发人员的专业不符、研发人员不满足183天、人员花名册的结构不合理、人员花名册的真实性存疑、研发机构名称与管理水平中的文件存在矛盾、研发费用中的研发人员工资与人员花名册中的人员数量存在矛盾等方面。

现代化的企业管理制度要求企业内部职能完备，分工明确，并有完善的制度管理，认定办法中对研发组织管理水平也有相应的指标要求，对于一些管理较为不规范的企业来说，需要在申报之前进行调整。